De acordo com a Lei 9985/2000, as Áreas de Proteção Ambiental possuem um Conselho Consultivo, presidido pelo órgão responsável por sua administração e constituído por representantes de órgãos públicos e de organizações da sociedade civil.

No caso da APA da Baleia Franca, o Conselho Gestor é formado por 42 entidades conselheiras, sendo 14 oriundas do setor público, 14 organizações não governamentais ambientalistas e 14 representantes de usuários de recursos naturais. Cada entidade conselheira possui um titular e um suplente. O processo de definição das entidades conselheiras ocorre a cada dois anos.

O Conselho Gestor da APA da Baleia Franca se reúne 4 vezes ao ano de forma ordinária, podendo haver reuniões extraordinárias. O conselho é presidido pelo chefe da unidade de conservação, auxiliado pelo Comitê Executivo, formado por 3 membros do conselho, sendo um deles o secretário executivo.

O Conselho Gestor possui ainda 5 Câmaras Técnicas, que são grupos permanentes formados pelos conselheiros, dedicados a discutir temas específicos. São elas:

• Câmara Técnica de Conservação da Baleia-franca
• Câmara Técnica de Gestão Territorial
• Câmara Técnica de Gestão da Biodiversidade
• Câmara Técnica de Atividades Econômicas Sustentáveis
• Câmara Técnica de Proteção e Monitoramento

Por fim, o Conselho Gestor pode instituir Grupos de Trabalhos com a finalidade de executar demandas temporárias.